הקרן הקיימת לישראל של קנדה (JNF קנדה) פתחה בהליכים משפטיים בבית המשפט הפדרלי לערעורים, לערער על ההחלטה "השגויה והבלתי מוצדקת" לדבריה, לשלול את מעמד קק"ל קנדה כארגון צדקה שפטור ממס. בערעור נאמר כי התהליך שבסופו קק"ל הוחרגה מרשימת הארגונים הפטורים ממס, "היה פגום ואינו הוגן מיסודו". מדובר בהחלטה פוליטית על רקע השקעות של העמותה מעבר לקו הירוק ובפרויקטים הקשורים לצה"ל.
כך, רשות המס בקנדה הודיעה לקרן הקיימת על ביטול מעמדה של קק"ל קנדה כארגון צדקה, על כל המשתמע מכך, לקרן ולתורמים. ב-2019 מסרה קק"ל קנדה כי רשות המס במדינה עורכת אצלה ביקורת, לאחר שהתקבלה ברשות תלונה כי קק"ל "עשתה שימוש בכספי תרומות לבניית תשתית עבור צה"ל, בניגוד לחוקי המס הקנדים. קק"ל אישרה אז כי תוך שהיא מממנת פרויקטים של שיקום יערות אחרי שריפות, וגני משחק לילדים עם צרכים מיוחדים. היא מימנה גם פרוייקטי תשתית בבסיסי צה"ל, בחיל האוויר ובחיל הים. היא מסרה כי חדלה מכך ב-2016".
"בדומה לארגוני צדקה אחרים שתומכים בצרכים של ילדים, עובדים וקהילות חלשות, היינו מצפים שהרשויות בקנדה לא יהיו נגד ארגון הצדקה שלנו", ציין נתן דיסנהאוס, נשיא קק"ל קנדה. "זה לא צודק לבטל את הפטור ממס לארגון צדקה, שקיבל לפני כמעט 60 שנה את הפטור, זה פשוט לא צודק לסגור ארגון צדקה שנתמך על ידי למעלה מ-100,000 קנדים".
יחד עם זאת, קק"ל קנדה הדגישה כי היא מקיימת קשר עם מקבלי ההחלטה, בתקווה להגיע לפתרון מחוץ להליך המשפטי. עוד נמסר: "קק"ל קנדה נותרה נחושה למלא את המנדט שלה לקדם פרויקטי צדקה בישראל לטובת כלל האזרחים ולהמשיך לפעול כעמוד התווך של הקהילה היהודית בקנדה".
במשך עשרות שנים הקרן הקיימת לישראל של קנדה מגייסת תמיכה כספית בקנדה עבור ישראל. נטיעת עצים, בניית מאגרי מים, שימור בתי גידול טבעיים, כמו גם בניית פארקים ושבילי אופניים – הם חלק מהדברים שקק"ל קנדה מקדמת בישראל. לאחרונה, קק"ל קנדה הרחיבה את רשת ארגוני הצדקה הישראליים עמה היא משתפת פעולה, וכיום היא ממקדת את הפעולות שלה למטרות חברתיות וסביבתיות: "אנו משתפים פעולה עם מגוון מוסדות וארגונים חשובים בישראל לבניית תשתית לטובת אוכלוסיות חלשות כמו נוער בסיכון, נפגעי התעללות במשפחה, ילדים עם צרכים מיוחדים, וחיילים משוחררים".
